La Unidad Aérea nació el 13 de junio de 1981 ubicada en el Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, debido a la necesidad apremiante de salvaguardar las fronteras marítimas del territorio nacional, adoptó el nombre del Teniente Coronel Benjamín Méndez Rey, quien fue reconocido como uno de los pioneros en la aviación colombiana al ser el primer piloto colombiano en realizar el emblemático vuelo desde Bogotá hacia Nueva York, en un Falcon F-O1 en 1928 y por conformar el primer grupo de instructores de la Institución Aérea.